Χρησιμοποιείται για τη διάγνωση εγκεφαλικών επεισοδίων, όγκων, καταγμάτων των κρανιακών οστών αιμορραγιών, τραυματισμών και άλλων παθολογικών καταστάσεων του εγκεφάλου.

Αποτελεί μια γρήγορη και ασφαλή μέθοδο για την απεικόνιση του πνευμονικού παρεγχύματος, των αγγείων αυτού, των οστών του θωρακικού κλωβού, του μεσοθωρακίου και της καρδιάς. Συχνές παθολογικές καταστάσεις που διαγιγνώσκονται με αυτή τη μέθοδο αποτελούν τα νεοπλάσματα πνεύμονα, οι λοιμώξεις των πνευμόνων(πνευμονίες), πνευμοθώρακας, αιμορραγίες κ.α.

Με την εξέταση αυτή ελέγχεται αν η ροή αίματος στις πνευμονικές αρτηρίες είναι ομαλή ή διακόπτεται (συνήθως από θρόμβο). Αυτή η μέθοδος είναι καταλυτική στην διάγνωση της πνευμονικής εμβολής, μιας κατάστασης απειλητικής για την ζωή του ασθενούς όπου διακόπτεται η ροή αίματος σε μικρά η μεγάλα αγγεία του πνεύμονα.

Με την εξέταση αυτή πραγματοποιείται η ανάδειξη παθήσεων που αφορούν δομές του τραχήλου. Απεικονίζονται και αξιολογούνται οι λεμφαδένες, οι σιελογόνοι αδένες οι παρωτίδες, τα οστά, τα αγγεία, μέρος της αυχενικής μοίρας της ΣΣ, η ύπαρξη νεοπλασμάτων και άλλων παθήσεων της τραχηλικής χώρας.

Εστιάζοντας στο εσωτερικό του κρανίου δίνεται η δυνατότητα ακριβέστερης απεικόνισης των δομών που αυτό περιέχει όπως οι κοιλίες ο εγκέφαλος, οι παραρίνιοι κόλποι , οι οπές των ματιών κ.α.

Συμπαγή όργανα της ανώτερης κοιλιακής χώρας καθώς και άλλες δομές της απεικονίζονται με μεγάλη ακρίβεια με τη μέθοδο αυτή.
Παθήσεις και νεοπλάσματα ήπατος χοληφόρων, παγκρέτος, χοληδόχου κύστεως, σπλήνος, καθώς και των αγγείων της περιοχής διαγιγνώσκονται με την αξονική τομογραφία. Παθολογικές καταστάσεις του τμήματος του λεπτού και του παχέος εντέρου που απεικονίζονται δύναται να απεικονιστούν. Λόγω της ταχύτητας και της άνεσης για τον ασθενή χρησιμοποιείται για τη σταδιοποίηση όγκων καθώς και την παρακολούθηση τους.

Όργανα του ουρογεννητικού συστήματος, μέρος του εντερικού σωλήνα, η σκωληκοειδής απόφυση, αγγεία και μύες της κάτω κοιλίας απεικονίζονται με την μέθοδο αυτή. Συνέπεια αυτού η διάγνωση και παρακολούθηση φλεγμονών, λοιμώξεων, αποστημάτων, νεοπλασμάτων καθώς και απειλητικών για τη ζωή καταστάσεων όπως η περιτονίτιδα.

Η εξέταση αυτή χρησιμοποιείται κυρίως για την πλήρη απεικόνιση του ουροποιητικού συστήματος δηλαδή των νεφρών, των ουρητήρων και της ουροδόχου κύστεως. Λιθιάσεις, διατάσεις του πυελοκαλυκικού συστήματος των νεφρών, αποφράξεις των ουρητήρων, όγκοι, κατάταξη κυστικών σχηματισμών στο νεφρό κατά Bosnia κ.α. καθίστανται δυνατά με αυτή τη μέθοδο.

Χρησιμοποιείται για την απεικόνιση αστικών αλλοιώσεων, κηλών μεσοσπονδυλίων δίσκων, καταγμάτων κυρίως σε ασθενείς που δεν μπορούν να υποβληθούν σε μαγνητική τομογραφία μυοσκελετικού συστήματος.

Ανευρύσματα, αρτηριοφλεβώδεις δυσπλασίες εγκεφάλου, στενώσεις, αποφράξεις αποτελούν μερικές από τις παθήσεις των αγγείων. Για την διάγνωση τους απαιτείται η διενέργεια μη επεμβατικής αγγειογραφίας του αντίστοιχου τμήματος όπως εγκεφάλου, τραχήλου, θωρακικής και κοιλιακής αορτής, λαγονίων αρτηριών, μηριαίων αρτηριών και άνω και κάτω άκρων. Για αυτήν την κατηγορία εξετάσεων απαιτείται η χρήση σκιαγραφικού μέσου.